Minoritský klášter poskytuje náhled do kolekce moravských tektilů, tercierních fosilií a zkamenělin druhohorních ryb. V zoologickém oddělení jsou shromážděny vzácné doklady o výskytu různých druhů fauny regionu. Mezi nejstarší exponáty se řadí tzv. žernov, nenápadný kruhový kámen sloužící k mletí obilí v raném středověku (asi 9.–11. století). Pozornosti jistě neunikne ani barokní umyvadlo z louckého kláštera nebo největší exponát tzv. krakorec (tj. nosný architektonický prvek), který v renesanci zdobil jeden ze znojemských domů.

Archeologické pracoviště uchovává bohatý pramenný materiál ke všem pravěkým i historickým obdobím. Vyniká v něm soubor keramiky mladoneolitické kultury s moravskou malovanou keramikou. V historických sbírkách je uložena i cenná tzv. Květoňova numismatická sbírka českých mincí a unikátní kolekce orientálních zbraní. V červnu 2019 byl otevřen pro veřejnost zadní trakt, kde se nachází expozice lapidária Tichá řeč kamení.

Tichá řeč kamení
Venkovní stálá expozice v dříve nepřístupném zadním traktu bývalého minoritského kláštera ukazuje činnost člověka v průběhu staletí vepsanou do kamene. Své příběhy zde vypráví exponáty z bohaté podsbírky lapidária muzea. Pět tematických panelů pojednává o smrtelnosti kamene, o estetice v kameni, o kameni jako užitném předmětu, architektonickém prvku i vzpomínce na zemřelé.

Mezi nejstarší exponáty se řadí tzv. žernov, nenápadný kruhový kámen sloužící k mletí obilí v raném středověku (asi 9.–11. století). Pozornosti jistě neunikne ani barokní umyvadlo z louckého kláštera nebo největší exponát tzv. krakorec (tj. nosný architektonický prvek), který v renesanci zdobil jeden ze znojemských domů. Jistě pozoruhodný osud v sobě skrývá také fragment sochy lidské figury, z níž se zachoval pouze trup a ruce svírající vak v podpaží. Nejspíše se jednalo o sochu dudáka, avšak její původní podoba a funkce zůstává zapomenuta v čase. Tento „dudák“ je hmotným důkazem, že ani kámen není věčný. Na pomíjivost lidské činnosti i života pak přímo odkazuje panel s funerální kamenosochařskou prací a vedlejší nově odkryté „pohřebiště“ kamenných pozůstatků zdemolovaných částí sdruženého kláštera minoritů a klarisek i jejich zcela zaniklého kostela Nanebevzetí Panny Marie.

Pravěcí zemědělci
Bývalá expozice archeologie byla sice plná pravěkých a středověkých nádob či různých kovových šperků, nicméně svým charakterem spíše připomínala výukový prostor pro studenty archeologie, či poskytovala ucelený přehled odborné veřejnosti. A právě z tohoto důvodu se začalo uvažovat o vybudování nové expozice. Cílem obnovy bylo vnést do výstavních prostor cosi nového, originálního. Cosi co by archeologii a archeologické nálezy přiblížilo běžné veřejnosti a zejména pak dětem. Jelikož je Znojemsko regionem zemědělským, bylo jako nosné téma zvoleno právě toto hospodářské odvětví

Po vstupu do nové expozice se před Vámi otevře tmavý prostor úzké místnosti na jehož konci je tajemně ozářená replika bohatého hrobu ze starší doby železné. Po cestě k tomuto poutavému prvku projdete kolem nízké, 20 metrů dlouhé, vitríny ve které najdete mimo období paleolitu, doby laténské a římské celý přehled pravěku a rané doby dějinné Znojemska. Nad touto vitrínou je umístěná nástěnná tapeta z dílny akademického malíře L. Anlaufa, na které se seznámíte s rekonstrukcí krajiny, jenž kopíruje daný časový úsek reprezentovaný ve vitríně, tedy opět bez doby laténské a římské. Pro lepší orientaci v čase je tapeta doplněna o přehlednou časovou osu. Z této místnosti následně projdete do největšího prostoru v jehož čele stojí dvě uzavřené vitríny se skvosty znojemského pravěku.

Dominantou je 22 metrů dlouhá otevřená vitrína, ve které jsou prezentovány nálezy od prvních zemědělců, tzv. kultury s lineární keramikou, až po dobu římskou. Ve vitríně jsou vystavené četné originály doplněné zdařilými kopiemi, rekonstrukcí pece, žárového hrobu nebo hromadného nálezu bronzových předmětů. Každého pak určitě zaujme figurína lučištníka kultury se zvoncovitými poháry z pozdní doby kamenné. Průchodem ideální rekonstrukcí zahloubené obytné stavby, se přesunete do závěrečné části expozice, do krutého období stěhování národů a přes kolonizaci slovanským etnikem se ocitnete v prostředí Velké Moravy. I tato část je tvořena dlouhou otevřenou vitrínou ve které vám, mimo originálů, budou prezentována různá odvětví lidské činnosti, jako je rybolov, tavba železa či výroba velkomoravského šperku. Navíc je tento prostor doplněný o figurínu bojovníka ze 7. století, která tak jako ostatní vznikla v ateliéru sochaře J. Lipavského.

Z historie muzea
Budova původně minoritského, později františkánského kláštera byla součástí tzv. "Znojemského Assisi", vystavěného v průběhu 13. století. Již krátce po konstituování Znojma na královské město po roce 1225 došlo v bezprostřední blízkosti před vchodem do královského hradu k usídlení mendikantského řádu minoritů. V jejich sousedství se pak ve druhé polovině 13. století usadila ženská větev řádu - klarisky.

V letech 1279 - 1297 sloužil klášter jako místo uložení ostatků českého krále Přemysla Otakara II., padlého roku 1278 v bitvě na Moravském poli. Z nejstarší doby se v klášteře minoritů dochovala křížová chodba severozápadního ramene včetně okenních kružeb. Severovýchodní část křížové chodby je ze sklonku 15. století. V roce 1534 klášter převzali františkáni, kteří ve druhé třetině 16. století budovu upravovali, a to zvláště její 1. poschodí, kdy se budova rozšířila i nad křížové chodby. Barokní novostavbou je dvouposchoďový, původně jednopatrový trakt, připojený k severozápadnímu nároží konventní budovy. Byl postaven jako knihovna před rokem 1695.

Z barokní doby je rovněž dvorní trakt, který zakryl okenní stěnu jihozápadního ramene ambitu. Z barokního období je rovněž klenba na severozápadním konci severovýchodního křídla konventu v přízemí, kde vystupovalo nově zřízené pravoúhle se lomící schodiště.do patra, zrušené při klasicistní přestavbě. Tehdy byla zřejmě přestavěna celá část severovýchodního křídla konventu. V letech 1728 - 1729 byl rozšířen nedostačující refektář, v letech 1754 až 1758 byla vystavěna nová budova klášterního špitálu. Po zrušení kláštera roku 1784 část objektu proměněna ve vojenskou vychovatelnu regimentu prince Coburga. Roku 1825 byla provedena radikální přestavba zrušeného kláštera na věznici. Tehdy byl objekt kláštera i kostela vážně poškozen, souběžně s destrukcí kostela došlo ke zboření přilehlého jihovýchodního ramene ambitu.

K další stavební úpravě minoritského kláštera došlo po požáru roku 1494. Tehdy byly prolomeny dvě lomené arkády ve střední zdi mezi lodí minoritů a klarisek, na něž navazovala křížová chodba ženského kláštera. V této době byla rovněž postavena kruchta v hlavní lodi, z níž se dochovaly fragmenty patek polopilířů. V letech 1653 - 1654 byly vystavěny dvě nové věže v západním průčelí: jedna patřící minoritům se zvonem, zasvěceným Panně Marii a sv. Antonínovi Paduánskému, druhá věž patřila klariskám se zvony sv. Františka a sv. Kláry. Do dnešní doby se dochovala pouze menší část kostela, především jihovýchodní zeď hlavní lodě. Od roku 1945 slouží budova minoritského kláštera muzejním účelům.